PyMem3DG：使用离散微分几何的 3D 膜动力学
项目描述
使用离散微分几何 (Mem3DG) 的 3D 膜动力学
Mem3DG 是一个灵活的软件包，可使用非结构化网格对膜及其动力学进行建模。这项工作目前正在大力开发中，请对此存储库加注星标以跟进！
感谢您使用 Mem3DG
Mem3DG 由朱存成、Christopher T. Lee和其他人共同开发。Mem3DG 的开发部分由 AFOSR MURI FA9550-18-1-0051 和 Hartwell 基金会博士后奖学金资助。
安装
git submodule --init --recursive
mkdir build
cd build
cmake -DBUILD_PYDDG=ON -DWITH_NETCDF=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
cmake --build . --config Release
发布的源码也可以从PyPi获得。
设置 netcdf 的临时说明（尤其是在 windows 上...）
-
下载
vcpkg并按照说明安装 -
根据您的配置安装 32 位或 64 位版本的
netcdf-c和库。netcdf-cxx4vcpkg install netcdf-c:x64-windows netcdf-cxx4:x64-windows eigen3:x64-windows:x64-windows从 32 位库的上述字符串中删除。 -
配置 vcpkg CMake 工具链
vcpkg integrate install -
-DCMAKE_TOOLCHAIN_File="..."将字符串作为输入复制并粘贴到您的 CMake 配置中。 -
正常构建
可以相应地传递工具链选项setup.py：
- python setup.py build -- -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE="C:/Users/Kieran/vcpkg/scripts/buildsystems/vcpkg.cmake" -G "Visual Studio 16 2019" -T host=x64 -A x64 -- /m:6
依赖项
- 网格使用Geometry-Central表示。
- 可选轨迹输出使用NetCDF-cxx4。
