用于分配心肌纤维方向的基于拉普拉斯-狄利克雷规则的算法。
项目描述
用于分配心肌纤维方向的基于拉普拉斯-狄利克雷规则 (LDRB) 的算法
一种基于 Laplace Dirichlet Ruled-Based 算法分配心肌纤维方向的软件。
Bayer, JD, Blake, RC, Plank, G. 和 Trayanova, NA, 2012。一种新的基于规则的算法，用于将心肌纤维方向分配给计算心脏模型。生物医学工程年鉴，40（10），pp.2243-2254。（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3518842/）
# Decide on the angles you want to use
angles = dict(
alpha_endo_lv=30, # Fiber angle on the LV endocardium
alpha_epi_lv=-30, # Fiber angle on the LV epicardium
beta_endo_lv=0, # Sheet angle on the LV endocardium
beta_epi_lv=0, # Sheet angle on the LV epicardium
alpha_endo_sept=60, # Fiber angle on the Septum endocardium
alpha_epi_sept=-60, # Fiber angle on the Septum epicardium
beta_endo_sept=0, # Sheet angle on the Septum endocardium
beta_epi_sept=0, # Sheet angle on the Septum epicardium
alpha_endo_rv=80, # Fiber angle on the RV endocardium
alpha_epi_rv=-80, # Fiber angle on the RV epicardium
beta_endo_rv=0, # Sheet angle on the RV endocardium
beta_epi_rv=0, # Sheet angle on the RV epicardium
)
# Choose space for the fiber fields
# This is a string on the form {family}_{degree}
fiber_space = "P_2"
# Compute the microstructure
fiber, sheet, sheet_normal = ldrb.dolfin_ldrb(
mesh=mesh, fiber_space=fiber_space, ffun=ffun, markers=markers, **angles
)
# Store files using a built in xdmf viewer that also works for functions
# defined in quadrature spaces
ldrb.fiber_to_xdmf(fiber, "fiber")
# And visualize it in Paraview
安装
使用 pip 安装
要安装软件，您需要安装FEniCS（不支持 2016 年以前的版本）
该软件包可以使用 pip 安装。
python -m pip install ldrb
或者如果您需要最新版本，您可以安装源
python -m pip install git+https://github.com/finsberg/ldrb.git
使用 conda 安装
或者，您可以使用 conda 安装
conda install -c conda-forge ldrb
这也将通过conda.
文档
文档托管在http://finsberg.github.io/ldrb
入门
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执照
ldrb在 GNU LGPL 版本 3 或（由您选择）任何更高版本下获得许可。
ldrb版权所有 (2011-2019) 作者和 Simula 研究实验室。
贡献者
亨里克·芬斯伯格 ( henriknf@simula.no )
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源分布
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