chi1chi2程序

该程序的目的是计算有机晶体的线性（折射率）和非线性（用于产生二次谐波的chi(2)）光学特性。

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安装

确保您已安装：

• gfortran
• 蟒蛇3.6

安装：

• 点安装 chi1chi2
• 对于 fortran 程序，存储库中提供了 Makefile： make命令在 build/ 目录中构建程序

＃描述

整个程序构成一组需要按顺序执行的脚本。

主要有四个步骤：

1. 输入准备（可选 - 几何优化）
2. 分子亚基的光学性质计算
3. 体积特性的计算
4. 结果分析

该文件的目的是引导用户完成所有这些步骤。

第1步- 输入准备

A) 来自 Cif (easy path)

使用chi.from_cif获取几何形状以进一步优化，例如Crystal09/14/..

B) 从分数坐标

使用chi.from_fra脚本（见：examples/mna_cif.fra，examples/mna_cif2.fra 看约定）（记得调整对称操作！）

C) 手动

见公约的例子

几何优化后的步骤1a

D) 使用chi.from_crystal脚本调整晶体几何优化后的坐标和电荷

E) 运行chi.input_preparator脚本来获取输入文件：

• charge_generator程序（示例用法：charge_generator < chg1.inp）
• Lorentz 张量和lorentz程序（示例用法：lorentz < lorentz.inp > L.dat）

第2步- 属性计算

使用一组费用、几何形状并遵循您最喜欢的属性计算程序。在以后的版本中可以提供额外的 shell 脚本。

第3步- 核心计算

使用脚本chi.main在所谓的 a'bc* 参考框架中获取chi(1)和张量分量。chi(2)

启用 Q-LFT 计算！（自 0.1.1 起）

第4步- 结果分析

将脚本chi.analyze与步骤 3 中生成的输出文件一起使用

• 折射率分析（自 0.1.3 起）
• 光学指示线方向上张量分量的大小chi(2)（自 0.1.3 起）

帮手

辅助脚本可用于分子计算：

• read_g09.py用于在 QC 计算后读取分子特性
• scale_props.py用于使用参考计算缩放静态属性
• calc_pol.py用于使用有限域计算的 AIMALL 输出计算分布极化率

注意：脚本最大限度地减少对项目库的依赖，以便它们可以用作外部机器上的独立脚本

分布极化率计算的准备工作

两种变体是可能的：

• 只有一个外部场强 (0.003 au)

AIMALL 的输入文件必须按照以下约定进行准备：

1 /没有字段/；2 /0.003, 0, 0/; 3 /0, 0.003, 0/; 4 /0, 0, 0.003/;

5 /-0.003, 0, 0/; 6/0，-0.003，0/；7 /0, 0, -0.003/

• 具有两个外部场幅度（0.003 au 和 0.006 au）（使用 Romberg 数值微分程序）

AIMALL 的输入文件应遵循以下约定：

1 /没有字段/；2 /0.003, 0, 0/; 3 /0, 0.003, 0/; 4 /0, 0, 0.003/;

5 /-0.003, 0, 0/; 6/0，-0.003，0/；7 /0, 0, -0.003/

8 /0.006, 0, 0/; 9 /0, 0.006, 0/; 10 /0, 0, 0.006/;

11 /-0.006, 0, 0/; 12 /0，-0.006，0/；13 /0, 0, -0.006/

例子

请参阅示例/examples.pdf 以遵循集成测试中使用的步骤。用于测试的文件位于 tests/integration 目录中：

• 输入作为起点
• 期望作为参考

用于计算的示例 gaussian09 输入文件可在示例/mna.com 中找到

版本历史

• 0.1.0 - 首次发布 (31.01.2019)
• 0.1.1 - 添加了 Q-LFT 计算支持 (05.02.2019)
• 0.1.2 - PyPI (06.02.2019) 上的小自述文件修复
• 0.2.0 - 核心计算分析 - 表格报告 (09.03.2019)
• 0.2.1 - 属性缩放助手 (27.03.2019)
• 0.3.0 - 原子极化率缩放方法更改 (03.03.2020)
• 0.4.0 - 分布式极化率计算脚本和格式更改 (10.03.2020)
• 0.4.1 - 修正分子在晶胞中的位置 (23.03.2020)
• 0.5.0 - from_crystal 旧输入备份策略更改 (04.04.2020)
• 0.5.1 - HYDROGEN_TOLERANCE 环境变量可用于修改默认的最大氢气距离 (1.15A)
• 0.6.1 - 输入准备和主要计算允许任意重新定义晶胞的分子-离子组成 (31.08.2020)
• 0.7.0 - 修复非正交系统中的属性计算 (15.02.2021)
• 0.8.0 - 添加了用于计算选定立体角的 d_effective 的脚本 (21.02.2021)
• 0.9.0 - 移除了 openbabel 依赖项 (30.12.2021)
• 0.9.5 - 自动发布管道 (7.01.2022)