bccovida

作者：Lianna Hovhannisyan、John Lee、Vadim Taskaev、Vanessa Yuen

不列颠哥伦比亚省疾病控制中心 (BCCDC) 管理着一系列省级项目和诊所，这些项目和诊所有助于公共卫生并帮助控制不列颠哥伦比亚省的疾病传播。它管理和分发不列颠哥伦比亚省有关 COVID-19 的最新每日数据，它通过COVID-19 网页以 csv 格式以及案例、实验室和区域特定功能以及综合 ArcGIS 格式提供这些数据（在“下载数据”下）。该软件包利用每日特定病例的 COVID-19 数据，允许用户方便地下载最新病例数据，并且 - 每个指定的日期范围间隔 - 计算几个关键统计数据，沿年龄相关和区域参数可视化时间序列进展，并生成探索性支持按需分析的直方图形式的数据分析。使用此包提取的 COVID-19 病例详细参数：

• Reported_Date（采用 YYYY-MM-DD 格式）
• HA（省级卫生区，例如“温哥华海岸卫生”）
• 性别（男或女）
• Age_Group（按 10 岁年龄组分类报告，例如“60-69”）
• Classification_Reported（诊断来源，例如“实验室诊断”）

安装

bccovideda可以使用以下终端命令从 PyPI 安装：

$ pip install bccovideda

封装函数

• get_data()

  • 此功能从 BCCDC 的COVID-19 专用主页下载最新的详细每日病例特定 COVID-19 。它返回一个包含提取的原始数据的数据框。

• show_summary_stat()

  • 此函数根据可用的特定案例参数计算汇总统计数据，例如与年龄相关的和区域聚合指标。它返回一个数据框，列出了按查询的时间间隔指定的关键识别摘要统计信息。

• plot_line_by_date()

  • 此函数根据查询的时间间隔根据用户选择的参数和分组返回每日病例计数的折线图。

• plot_hist_by_cond()

  • 此函数根据查询的时间间隔返回基于用户选择的参数和分组的直方图，允许按需探索性数据分析。

用法

bccovideda可用于下载和计算汇总统计，生成探索性数据分析直方图，并绘制时间序列图表数据，如下所示：

from bccovideda.get_data import get_data
from bccovideda.show_summary_stat import show_summary_stat
from bccovideda.plot_hist_by_cond import plot_hist_by_cond
from bccovideda.plot_line_by_date import plot_line_by_date

get_data()

show_summary_stat("2022-01-01", "2022-01-13")

plot_hist_by_cond("2021-01-01", "2021-01-30", "Age")

plot_line_by_date("2021-01-01", "2021-01-30")

在 Python 生态系统中的角色

鉴于最新的 COVID-19 汇总数据的可访问性相对充分，再加上其自 2020 年初以来对社会经济的持续影响，有许多相当全面的 Python 包可以执行类似的数据提取和探索性数据分析功能，例如covid、covid19pyclient , covid19pandas . 与现有软件包相比，bccovideda它提供了一个简单的用户界面，专注于不列颠哥伦比亚省的本地化省级背景，利用特定于 BCCDC 数据管理惯例的功能生成与年龄相关的趋势和统计数据相关的快速概览和按需分析区域案例特征。

依赖项

• Python 3.9 和 Python 包：

  • 熊猫==1.3.5
  • 请求==2.27.1
  • 牵牛星==4.2.0
  • altair-saver==0.5.0

文档

文档bccovideda可以在阅读文档中找到

贡献

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贡献者

第 25 组贡献者：

• 莉安娜霍夫汉尼斯安：@liannah
• 约翰李：@johnwslee
• 瓦迪姆Taskaev：@vtaskaev1
• Vanessa Yuen：@imtvwy

执照

该bccovideda项目由不列颠哥伦比亚大学 (2021-2022) 数据科学硕士课程中的 DSCI 524（协作软件开发）第 25 组创建。它是根据 MIT 许可条款获得许可的。

学分

bccovideda是用cookiecutter和py-pkgs-cookiecutter 模板创建的。