mask-plasmid 0.1.8

mask-plasmid：从组装好的基因组中创建一个快速的 BED 文件

背景

在使用微生物基因组数据构建系统发育树时，必须尽可能接近克隆框架。

识别克隆框架的常用技术是将读数映射到参考基因组，然后过滤掉所有感兴趣样本中不存在的任何位点。

一般来说，质粒不应该是克隆框架的一部分。虽然理论上它们可能是克隆框架的一部分，但对于短读取数据，很难说质粒是否都相同。然而，更重要的是，完全不可能说质粒和染色体是从样品的最近共同祖先垂直继承的。

因此，通常建议从分析中删除质粒。

当一个读段是属于质粒还是属于染色体时，问题就出现在小读段数据中。有时质粒被插入染色体，有时读数应该映射到质粒但错误地映射到染色体，因为质粒不包括在分析中。因此，在将读取映射到参考以识别潜在变体和克隆框架的情况下，应从用于识别的潜在读取池中删除模棱两可的读取（即，可以映射到染色体或质粒上）变种网站。

如果在尝试映射读数之前从参考数据集中删除质粒，则无法识别模棱两可的读数。因此，更好的策略可能是将质粒保留在参考数据集中，映射所有读数，识别可变位点，然后屏蔽质粒位点。

这可以使用Snippy 4通过使用该 --mask选项并为其提供 BED 文件来实现。

这个工具有什么作用？

该工具将生成一个 BED 文件，其中包含 Genbank 文件中的每个基因座，可以轻松编辑该文件，然后--mask在使用Snippy 4.

安装

pip install mask-plasmid

跑步

mask-plasmid <my_gb.gbk[.gz]> > plasmids.bed

发展

推送到 Pypi

以下命令将：

• 运行测试
• 清理当前分支
• 打版本
• 生成分布
• 清理当前分支
• 用版本标记提交
• 推送到github
• 推送到 pypi

git commit -a -m <message>
pipenv run inv deploy <new_version_number> [<patch|minor|major>]