EDRN 知识环境的生物标志物
项目描述
该产品eke.biomarker提供早期检测研究网络 ( EDRN )正在研究的生物标志物的显示和RDF摄取。生物标志物是疾病的化学指标，就 EDRN 而言，所研究的疾病是癌症。该软件包允许研究人员浏览、搜索和发现有趣的生物标志物，确定研究进展情况，找出生物标志物的统计值等等。这些功能是 EDRN 知识环境 ( EKE）。EDRN 使用 EKE 可以轻松地发现、共享、搜索和检索 EDRN 的所有集体知识，包括癌症和其他疾病、协议、标本、参与者、工作人员，以及 - 就本产品而言 - 生物标志物。
虽然适用于 EDRN 公共门户，但它可以安装在任何 与Plone兼容的站点中。
该软件由加州理工学院运营的 JPL EDRN信息中心为NCI开发。
安装
将Buildout与 plone.recipe.zope2instance 配方一起使用。
将eke.biomarker添加到要安装的鸡蛋列表中，例如：
[buildout] ... eggs = ... eke.biomarker重新运行构建，例如：
% ./bin/buildout
如果要从另一个包的 configure.zcml 文件中显式包含该包，则可以跳过 ZCML slug。
变更日志
下面是从一个版本到另一个版本的变化历史。下面列出了问题 ID，您可以通过访问https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA上的问题跟踪器来了解有关它们的更多信息。
1.1.26——图表不好笑
CA-1536：生物标志物页面上的图表看起来很有趣
CA-1572：生物标志物摄取需要以 ast 而不是 json 形式捕获 Cancerdataexpo 外部资源
CA-1592
1.1.25——遵守协议！
CA-1552：200 个字符的协议截断会导致摄取问题
1.1.24 — 快速摄入有助于消化
CA-1434：ID 搜索使生物标志物摄取时间过长
1.1.23——你太虚荣了
将“piUIDs”字段添加到 Biomarker 对象并将其设置为摄取，以便虚荣页面可以快速找到 PI 研究的 Biomarkers。
1.1.22——总有一天我们会做对的
CA-1454：生物标志物摄取应使用 RDF 中指定的器官将生物标志物与协作组关联，而不是安全访问组
1.1.21 — 任何其他名称
CA-1348：摘要源 URL 应按要求标记
CA-1388：从 CancerDataExpo 中提取外部资源链接
CA-1440：生物标志物摄取应接受“GI 和其他相关”以及“GI 和其他相关”
1.1.20——保护
CA-1349：面对失败，摘要摄取应该是稳健的
1.1.19 — 视觉效果
CA-1322
CA-1338：修复 eke.biomarker 的测试
1.1.18 — Biomuta
通过简单地与 HgncName 链接添加外部资源。这是一个临时 hack，将为每个外部资源添加知识对象。
将 Biomuta 选项卡添加到 Biomarker 的元素页面，并从“基本”选项卡中删除 biomuta 链接。由于 Biomuta 条目引用单个生物标志物实体，因此未将 Biomuta 选项卡添加到面板中。Biomuta 统计数据作为生物标志物的属性添加，因为它们是与生物标志物直接相关的特征。CA-1321。
1.1.17 — 错误修复
CA-1300
CA-1303
1.1.16——断开的链接
此版本解决了 RDF 摄取问题，其中 biomarker-bodysystem 对象指的是不存在的生物标记。
1.1.15——我吃了一些鸡；把牙线递给我
作为免费/自由/开源软件的第一个正式版本。
1.1.14——下载地址
此版本指定了此包的下载 URL 的完整路径。这是必要的，因为 JPL 现在会阻止我们分发服务器的目录列表，而以前 Python 会使用目录列表按版本查找匹配文件以进行下载。
1.1.13 — 认证 HGNNNNNNNC！
CA-1235 - 使生物标志物链接 ID 以 HGNC 名称结尾
CA-1238 - 向生物标志物添加自由文本搜索
CA-1247 - 从 EDRN 门户的生物标记链接回 BioMuta
CA-1264 - 添加临床认证标志
1.1.12——我们不说话
CA-1229 - 升级后重新启用讨论
1.1.11 — 生化！
添加 PIs-by-Biomarkers 报告以及（未来）报告菜单
CA-1206 - 如果没有出版物，生物标志物-身体系统上会出现“无资源”，如果没有资源则不会
CA-1205 - 在基于元素和面板的生物标志物上按字母顺序对资源进行排序
CA-1156 - 显示“大部分公开”的生物标志物的更多属性
CA-1163 - 使 RDF 摄取防御来自 BMDB 的不良协议
CA-1182 - 识别生物标志物的“私人”QA 状态
CA-1184 - 器官的生物标志物“报告”
CA-1189 - 在 /biomarkers 上启用左+右 portlet
删除过时的“评论列表”类型
1.1.10 — 更多升级
与 Plone 4.3 的兼容性。
使用 z3c.autoinclude。
1.1.9 — 带他去希腊
CA-1100 对流行率、NPV 和 PPV 显示“N/A”
1.1.8 — 谎言、该死的谎言和统计数据
与 Plone 4.2.4 兼容。
CA-1083 - eke.biomarker RDF 摄取应将谓词“hasBiomarkerStudyDatas”视为资源指向谓词
CA-1090 - 对于生物标志物，如果患病率、NPV 和 PPV 为零或未给出，则显示“-”或“N/A”或某事。
1.1.7 — 升级
与 Plone 4.1.5 兼容。
CA-1010 - 如果值为 0 或 0.0，则显示空白
1.1.6 — 测试支持
此版本包括：
仅依赖于 Plone 框架而不是 Plone 应用程序。
1.1.5——数据集链接
此版本包括：
CA-784：添加将 eCAS 数据集与 BMDB 中的生物标记记录相关联的功能
（无问题 ID）：数据集链接应直接进入 eCAS
1.1.4 — 弹性：PvP 的基础
此版本使功能测试更具弹性。
1.1.3 — 让我们合作！
此版本包括：
一个 plone.app.testing 层。
支持 edrnsite.collaborations
将指示其协作组的生物标记重新附加到它们“所属”的“协作组”（来自 edrnsite.collaborations）对象。
1.1.2 — 升级清理
此版本将 GenericSetup 配置文件更新为 4，提供对该配置文件的升级步骤，并使测试和开发工具依赖于其他鸡蛋的“主干”级别，而不是依赖于这些鸡蛋的发布版本。
1.1.1 — 唯一 ID
此版本将“Study Statistics”对象的唯一 ID 生成方法从“generateUniqueId”方法（从谁知道在哪里获得（可能是 CacheFu？））替换为 UUID，其生成是标准库的一部分。
1.1.0 — 克隆 4
此版本的 eke.biomarker 使其与 Plone 4 兼容。
1.0.2——好坏参半
此版本中解决了以下问题：
CA-620 - 协议下列出的生物标志物出现锁定错误（测试暴露）
CA-698 - “结构”对象出现在搜索中
1.0.1 — 扫视
此版本对生物标志物视图进行了多项改进，以反映 NCI 提出的要求，即在每个带注释的生物标志物中捕获更具体的细节。
此版本解决了以下问题：
CA-674 - 将 PerformanceComment 添加到生物标记器官选项卡
CA-675 - 门户：更改敏感性/特异性的名称并添加特定的检测类型属性
CA-676 - 门户：将决策规则属性添加到生物标记器官研究信息
1.0.0——黄金时段
此版本解决了一些问题，这些问题使该组件（及其一些选定的对应项）成为可操作 NCI 门户的“黄金时间”。
此版本解决了以下问题：
CA-528 自动定期摄取 RDF
0.0.6——门户开放政策
在此版本中，我们将公开有关生物标志物的更多信息。您现在可以查看有关它们的基本信息，而不是将未经批准的生物标志物设为私有并要求登录才能查看它们。完整的详细信息需要登录。有关详细信息，请参阅https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-650。
0.0.5——第十一小时
此版本包括一些外观更改，特别是为了支持 https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-600。
0.0.4 — 挂锁！
此版本解决了以下问题：
https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-551 - 将锁定图标添加到对协议页面“安全”的生物标志物和科学数据
0.0.3 - 未命名的版本
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-511 - 需要索引替代生物标志物名称
0.0.2 — 各种“CYA”修复
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-499 - 生物标志物清单上需要免责声明。
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-500 - 在生物标志物文件夹中显示未发布的生物标志物。
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-510 - 如果用户有权访问该对象，科学数据和生物标志物的密码箱应该会消失
0.0.1 — 安全摄取
此版本中解决的唯一问题是：
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-475 - “公共”应该只查看 QAState=Accepted 的生物标志物和科学数据。忽略安全标志。
0.0.0——未发布
初始版本进入测试版。
eke.biomarker-1.1.26.zip的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 51d9c27aa0cc2b86ccc78cfed3836cd41c59e6e515e83a24a22d5acf88ab8dd1 |
|
| MD5 | 589f787efee13ea95de8a94770b88318 |
|
| 布莱克2-256 | 7fb9c380ce803f083b0cfe71f8477193816460241af89c9928429f616a1a4117 |