用于 Python 和 Cython 的 DNA 输入和输出库。包括 FASTA 和 FASTQ 文件的读取器和写入器，对 samtools faidx 文件的支持，以及用于实体和间隙 q-gram (k-mers) 的生成器。
项目描述
Dinopy - Python 和 Cython 的 DNA 输入和输出
Dinopy 的目标是让 Python 和 Cython 程序员可以轻松高效地访问包含生物序列的文件，让他们能够专注于自己的应用程序而不是文件 io。
#!python
import dinopy
fq_reader = dinopy.FastqReader("reads.fastq")
for sequence, name, quality in fq_reader.reads(quality_values=True):
if some_function(quality):
analyze(seq)
特征
易于使用的读取器和写入器，适用于 FASTA、FASTQ 和 SAM 文件。
返回值的可指定数据类型和表示形式（字节、字节数组、字符串和整数，请参阅 dtype以获取更多信息）。
在Cython中实现以提高速度。
提供Cython API以避免将 Python 代码引入 Cython 项目。
直接在 gzipped 文件上工作。
序列的 q-gram 的迭代器（也允许成形的 q-gram）。
（反）补。
从 FASTA 文件中选择染色体。
入门
安装
Dinopy 可以用 pip 安装：
$ pip install dinopy
或与康达：
$ conda install -c bioconda dinopy
此外，dinopy 可以从 Bitbucket 下载并使用其 setup.py 进行编译：
从bitbucket下载源代码 。
全局安装：
$ python setup.py install
或仅适用于当前用户：
$ python setup.py install --user
使用恐龙：
$ python >>> import dinopy
安装要求
我们推荐使用 anaconda 和 bioconda 频道。
$ conda config --add channels bioconda $ conda create -n dinoenv dinopy
平台支持
Dinopy 已经在 Ubuntu、Arch Linux 和 OS X（Yosemite 和 El Capitan）上进行了测试。
我们不正式支持 Windows - dinopy 可能会工作，但由于不同的换行样式可能会出现问题；我们假设 \n作为分隔符，但在 Windows 上遇到以\r\n 作为行分隔符的文件的概率可能更高。
接触
如果您想报告错误或想建议新功能，请随时在bitbucket上这样做。
- 电子邮件：
Henning Timm: name.surname <at> tu-dortmund.de
直到哈特曼：name.surname <at> tu-dortmund.de
执照
Dinopy 是开源的，并根据MIT 许可证获得许可。
