计算结构生物学工具箱
项目描述
CSB是一个python库和应用框架,可以用来解决结构生物信息学领域的问题。如果您是生物信息学家、软件工程师或在该领域工作的研究人员,您可能会在这里找到有用的东西。我们的软件包由几个主要组件组成:
核心类库——面向对象的、细粒度的,强调设计和干净的接口。
应用程序框架 - 控制台应用程序(“协议”),它使用核心库中的对象以构建可执行的东西(并且希望有用)。
测试框架 - 确保库实际工作。
安装
CSB 正在使用 Python 2.7 和 3.6 在 Linux 上开发。但是,兼容性是一个设计目标,并且该软件包适用于任何平台,自 2.6 版以来的任何现代 Python 解释器(包括开箱即用的 python 3 支持)。如果您在与我们的开发环境不同的平台/解释器上发现任何问题,请告诉我们。
CSB 及其所有依赖项都可以使用 pip 安装:
$ pip install csb
运行 CSB 应用程序
CSB 与许多可执行控制台 csb.app 捆绑在一起。每个应用程序都提供一个标准的命令行界面。要运行任何应用程序,请尝试:
$ csb-app --help
其中csb-app是应用程序的名称,例如csb-hhfrag。有关我们应用程序框架的更多详细信息,包括编写新应用程序的指南,请参阅 API 文档,包“csb.apps”。
文档
该项目的GitHub网站包含在线文档和示例。访问我们:
详细的 API 文档可以在分发包(docs/api/index.html)的“docs/api”目录中找到。该文档也托管在我们的网站上:
https://csb-toolbox.github.io/api-docs/
许多软件包包含介绍性模块级文档和示例/教程。这些也可以在 HTML 文档中找到,但访问它们的快速方法是使用内置的 python 帮助系统。例如,一般介绍参见根包的模块文档:
$ python -c "import csb; help(csb)"
如果您对特定包感兴趣,例如 cs.bio.sequence,请尝试:
$ python -c "import csb.bio.sequence; help(csb.bio.sequence)"
接触
CSB 由 Michael Habeck 的计算结构生物学 研究小组开发。
如需完整的源代码、贡献、支持或错误报告,请访问我们的 GitHub:
执照
CSB 是开源的,并在 OSI 批准的 MIT 许可下分发。
Copyright (c) 2012 Michael Habeck Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal in the Software without restriction, including without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to the following conditions: The above copyright notice and this permission notice shall be included in all copies or substantial portions of the Software. THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
项目详情
csb-1.2.5.zip的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 5acdb655fa290b8b6f0f09faf15bdcefb1795487489c51eba4f57075b92f1a15 |
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| MD5 | 06a81ebee65994743ea751819a71620a |
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| 布莱克2-256 | 0a85730b460d84c816e66ab98727cbba960ca4c1ea9cd86cf2a4504013620020 |