布吉树

为什么要使用这个程序？

假设您刚刚从 FastTree 获得了您的系统发育树。这棵树很可能包含多分枝和分支长度，它们非常小，以至于它们将以指数符号表示。一些程序不接受具有这两个特性的树（例如，ClusterPicker）。您可以ape使用R. 但是，如何使用标准浮点格式的分支长度将树打印到标准输出？您可以向目标程序的开发人员提交问题，并希望他们做出修复。这两个选项都可能会延迟您的工作流程。该程序为您的问题提供了 python3 解决方案。给定一个 newick 格式的系统发育树，budgitree 提供一种简单的方法来打印你的树stdout：

1. 多分法已解决（即，树转换为严格分叉）和/或
2. 删除了指数符号（即，具有用户指定小数位数的浮点格式的分支长度）
3. 折叠支持值小于指定截止值的分支（默认是什么都不做）

用法

得到帮助

$ budgitree
usage: budgitree [-h]  ...

Given a newick tree, use this program to resolve polytomies (convert to
bifurcating) and or change the formatting of branch lengths.

optional arguments:
  -h, --help  show this help message and exit

Sub-commands help:

    smuggle   Smuggle the budgie.
    version   Print version.
    test      Run test suite.

开始走私

$ budgitree smuggle -h
usage: budgitree smuggle [-h] [-p PRECISION] [-b] [-c COLLAPSE] tree

Process the tree.

positional arguments:
  tree                  Input newick tree

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -p PRECISION, --precision PRECISION
                        Branch length precision (i.e., number of decimal
                        places to print).
  -b, --dont_bifurcate_polytomies
                        Switch off conversion of node polytomies to
                        bifurcating
  -c COLLAPSE, --collapse COLLAPSE
                        Collapse nodes with support values less than this.

折叠分支

支持小于 0.5 的折叠分支：

budgitree smuggle treefile.tre -c 0.50`

带有分支的打印树支持小数点后 20 位（删除指数符号）：

budgitree smuggle treefile.tre -p 20

在运行期间停止移除多分体：

如果出于某种原因您想保留多分法，请关闭该功能：

budgitree smuggle treefile.tre -b

组合选项

删除多分法，将分支长度打印到小数点后 15 位，折叠节点 <0.5：

budgitree smuggle treefile.tre -p 15 -c 0.5

安装

使用pip：

pip3 install budgitree

开发版：

pip3 install git+https://github.com/schultzm/Budgitree.git

测试

运行测试套件以检查软件是否按预期工作：

budgitree test

版本

将版本打印到标准输出：

budgitree version

词源

虎皮鹦鹉或“虎皮鹦鹉”是一种澳大利亚鸟类（Melopsittacus undulatus），与@tseemann 之后的澳大利亚主题保持一致。该软件在分支上设置数字——如果你有想象力，那听起来像budgit. tree是因为它在系统发育树上运行。的smuggle特征budgitree与一个涉及鹦鹉和泳装的澳大利亚笑话有关。